Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Nedir?

Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji bilim dalı genel olarak gözle görülemeyecek kadar küçük mikroorganizmaların (virüs, bakteri, mantar; maya ve küf ve protozoon) sebep olduğu hastalıkları inceleyen ve tedavi eden bir bilim dalıdır.

“Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji” bilim dalı, tüm mikroorganizmalarca oluşturulan enfeksiyon hastalıklarını laboratuvarda etkene yönelik mikrobiyolojik çalışmaları da yaparak uygun tedavilerini yürütür.

Tarihsel süreçte, ilk zamanlarda “Bakteriyoloji ve İntani Hastalıklar” olarak isimlendirilen “Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji” bilim dalı, sırasıyla; “Bakteriyoloji ve İntani Hastalıklar”, “İntan Hastalıkları ve Mikrobiyoloji”, “Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları”, “Bakteriyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları” olarak isimlendirilmiştir. Ancak, arkasından iki bilim dalına ayrılarak hasta bakılan bilim dalı önce “Enfeksiyon Hastalıkları”, daha sonra “Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji”, olarak isimlendirilmiş ve sadece laboratuvar hizmetinin yapıldığı bilim dalına ise “Tıbbi Mikrobiyoloji” ismi verilmiştir.

Hastalığa neden olan mikroorganizmaların bölgesel veya genel olarak yayılması enfeksiyon olarak ifade edilmektedir.

Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik mikrobiyoloji, bulaşıcı hastalıklarda sürece etki eden bakteri, virüs, mantar ve parazitlerin belirlenmesinden antibiyotiklere duyarlılığının tespit edilmesine kadar enfeksiyonların tüm süreçlerine odaklanır.

Bakteriler, tek hücreli basit canlılardır, yararlı ve zararlı olabilirler, patojen ve bozucu pek çok etkileri vardır.

Virüsler, bilinen en küçük canlıdır, basit ışık mikroskobunda görünmezler, hücre içi parazitlerdir; ancak yaşayan bir hücre içinde faaliyetlerini sürdürürler.

Mantarlar, iki sınıfa ayrılır;

1. Küf mantarları, sporlanma yoluyla üreyen, çok hücreli canlılardır.
2. Mayalar, tomurcuklanma yoluyla üreyen tek hücreli canlılardır.

Protozoonlar ise tek hücreli mikroskobik canlılardır.

Mikrobiyoloji, çok çeşitli test metodolojilerini kapsayan bir disiplindir ve organizmalar ile çalışarak onları izole etmek ve tanımlamak için kullanılan yöntemler açısından karmaşık cihazlar kullanır.

Mikrobiyoloji, organizmalarının tanımlanması için kültür temelli yöntemlere ve fenotipik yöntemlere büyük ölçüde bağımlıdır. Birbirinden farklı ve çeşitli patojenler mikrobiyolojik testleri zorlaştırır. Bu nedenle Klinik Mikrobiyoloji ve Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarlarında hata tespiti ve düzeltme kalite açısından önemlidir.

Mikrobiyoloji alanında yapılan bir testin analitik öncesi ve sonrasında hatalar meydana gelebilir. Testin bir aşamasındaki bir hata, diğer aşamalarda hatalara yol açması söz konusu olabilir. Hastalık sürecine dahil olmayan organizmaların kültürü, tanımlanması ve raporlanması sonucunda yanlış veya gereği olmadığı halde antibiyotik tedavisi uygulanmasına neden olabilir. Bu nedenle, mikrobiyoloji alanında çalışan kişilerin yeterli tecrübeye ve bilimsel bilgiye sahip olması, aynı zamanda hastalıklara neden olan mikroorganizmaların detaylı bir şekilde incelenebileceği bir laboratuvar olması son derece önemlidir.

Tıbbi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarlarının İşlevi ve Önemi

Klinik Mikrobiyoloji ve Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, özellikle alt solunum yolu enfeksiyonu olan hastaların tanı ve tedavisinde kritik bir rol oynamaktadır. Laboratuvar; patojen tespitini, tanımlamayı ve duyarlılık testlerini sağlayarak optimal ampirik antibiyotik tedavisinin, kişiye özel hazırlanmış tedavi süreçlerinin temelinde yer alır.

Klinik Mikrobiyoloji ve Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarı, aynı zamanda hastane epidemiyoloji birimine hastane salgınlarının önlenmesinde, tespit edilmesinde, araştırılmasında ve sonlandırılmasında yardımcı olan epidemiyolojik verileri sağlar.

Klinik Mikrobiyoloji ve Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarının sağladığı bilgiler zamanında ve doğru kullanıldığında; klinik iyileşme zamanında sağlanır, gereksiz antibiyotik kullanımını azalır ve hastane kaynaklı bulaşmalar önlenir.

Mikrobiyolojinin Temel İlkeleri: Toplama, İşleme ve Teşhis

Mikrobiyoloji, mikroorganizmaların izolasyonuna, karakterinin tanımlanmasına ve nitelendirilmesine odaklanır. Enfeksiyonlara bakteri, mantar, virüs ve parazitler neden olabilir. Bir enfeksiyonu teşhis etmek için; bir patojenin veya bu patojenle ilişkili biyolojik işaretlerin saptanmasının hastalığa işaret etme olasılığın yüksek olan bir vücut bölgesinden bir numune alınır. Numune, uygun taşıma yöntemi ile laboratuvara nakledilir.

Mikrobiyoloji, kişiselleştirilmiş tıbbın ilk disiplini olarak kabul edilir. Bu birim, her bireyi ayrı bir olgu olarak ele alır ve inceler. Klinik mikrobiyolog, bazen bir hastalığın olası teşhisini hemen verebilir. Örnekten hazırlanan bir materyali Gram boyaması ile inceleyerek uygun tedaviyi önerebilir.

Mikroorganizmaların varlığı ancak mikroskobun keşfi ile ortaya konulmuş ve bundan sonra önemli mesafeler kaydedilmiştir. “Mikroskop” kelimesi ilk kez 1625 yılında kullanılmıştır.

Mikrobiyoloji alanın en ünlü öncü isimlerinden olan Robert Koch’un önerileri günümüzde de yaygın olarak kullanılmaktadır. Araştırmalarda bu prensipler oldukça önemlidir. Örneğin, mikroorganizma izole edilmeli ve saf kültür ortamında büyütülmelidir, saf kültürden elde edilen mikroorganizmalar duyarlı bir hayvana aşılandığında hastalığı yeniden oluşturmalıdır.

Bu ilkeler, Klinik Mikrobiyoloji ve Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarlarında ilk kez hayvan deneyi yapılmasını ve böylelikle hastalıkların tanı ve tedavisinde önemli gelişmeler yaşanmasını sağlamıştır.

Türkiye’de Mikrobiyoloji Çalışmaları

Yurdumuzda mikrobiyoloji alanındaki ilk çalışmalar aşı üretimi ile başlamış, 1840’larda çiçek aşısı hazırlanarak başarı ile kullanılmıştır.

1893’te, İstanbul’da Bakteriyolojihane-i Osmani kurulmuştur. Sığır vebası, şark çıbanı, Pseudomonas Aeruginosa’nın pigmenti, sığır babesiozu, pnömokok ve vaksinia virüsünün ortaya çıkartılmasına katkı veren çalışmalar yapılmıştır.

Ahmet Refik Güran (1870-1963), Baktriyolojihane-i Baytari’de, barbon aşısı, şarbon aşısı, şarbon serumu, tavuk kolerası aşısı, kuru serum, kan alma ve vermeye yarayan alet ve periton kanülü yapmıştır. Dr. Refik Güran, kültür besiyerlerinde kullanılmak üzere ilk Türk peptonunu da üretmiştir.

Adil Mustafa Şehzadebaşı (1871-1904) Refik Güran ile ilk defa, sığır vebası etkeninin filtreleri geçtiği ve süzüntünün hastalık yapıcı nitelikte olduğunu deneysel olarak kanıtlamışlardır (1897). Dr. Adil Mustafa Şehzadebaşı, ayrıca difteri serumu hazırlamıştır.

Ahmet Şefik Kolaylı (1886-1976), sığır vebasına karşı serum, tüberkülin, mallein, tavuk kolerası ve şarbon aşıları hazırlamıştır.

Refik Saydam Merkezi Hıfzıssıhha Enstitüsü özellikle aşı ve anti serum üretiminde önemli görevler üstlenmiştir.

1931 yılında, ağız yoluyla uygulanan BCG aşısı üretimine başlanmıştır.

1933 yılında kuduz aşısı üretimi çalışmalarına başlanmış, 1937 yılında kuduz serumu, 1942 yılında tifüs aşısı ve akrep serumu üretimine başlanmıştır.

1947 yılında Enstitü bünyesinde bir aşı istasyonu açılmış, deri içi (intradermal) BCG aşısı üretimine başlanmış, 1948 yılında ülkemizde ilk olarak boğmaca aşısı üretimine başlanmıştır.

1950 yılında, İnfluenza Laboratuvarı, Dünya Sağlık Örgütü tarafından Uluslararası Bölgesel İnfluenza Merkezi olarak tanınmış ve İnfluenza aşısı üretimine başlanmıştır.

1956 yılında tetanoz aşısı üretimi modernize edilmiştir.

1965 yılında kuru çiçek aşısı üretimine ve serum deriştirme ve saflaştırma işlemlerine başlanmıştır.

1970 yılında fibrinojen, albümin ve gamma globülin üretilmiş, 1983 yılında kuru BCG aşısı üretimine başlanmıştır.

Son yıllarda Türk Halk Sağlığı Kurumu adını alan kurumda akrep, şarbon, difteri ve tetanoz anti serumları üretilmektedir.

Ancak, tüm aşıların üretimi 1996 yılından beri yapılmamaktadır.

2000’li yılların başında Prof. Dr. Nilgün Çerikçioğlu ve Öncü Akgül tarafından geliştirilen besiyeri ile Candida albicans ve Candida dubliniensis türlerini birbirinden kolayca ayırt etme olanağı sağlanmıştır.

Doç. Dr. Ahmet Yılmaz Çoban tarafından MRSA’ları saptamak ve sefoksitin MİK değerini belirlemek amacı ile bir yöntem geliştirilmiştir. Dr. Çoban tarafından geliştirilen “kristal viyole dekolorizasyon deneyi” ile mikobakterinin duyarlı ve dirençli oluğu antitüberküloz ilaçlar belirlenebilmektedir.

Mikrobiyoloji Uzmanı Dr. Erdal Ataç bir Brucella jel aglütinasyon testi geliştirmiştir.

Tanıl Kocagöz ve ekibi tarafından geliştirilen;

A-Grubu betahemolitik streptokok (AGBHS) saptamaya yönelik, Bacit-A besiyeri tanı süresini bir güne indirmektedir.

Quicolor besiyeri bakterilerin antibiyotiklere duyarlılıkları 4-6 saate indirmektedir. Besiyeri kısa sürede metisiline dirençli Staphylococcus aureus’u (MRSA) da saptayabilmektedir.

Feconomics kiti ile dışkı incelemesi beş dakikaya inmekte ve çok kolaylaşmıştır.

Decomics kiti ile tuberküloz bakterisinin balgam ve diğer klinik örneklerin incelenmesi 20 dakikaya inmiştir.

Tüberküloz tanısında kullanılan TK Kültür sisteminde, otomatize kültür sistemi bulunmasa dahi üremeler erken saptanabilmektedir.

“İzlenebilir Elektroforez” (“Observable Real Time Electrophoresis”, ORTE) ile elektroforez ve jel görüntüleme işlemini birleştirerek elektroforez sırasında moleküllerin sürekli olarak izlenmesi sağlanmıştır.

Bunların yanı sıra, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji alanında kurulmuş olan dört dernek; Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti (TMC), Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Derneği (KLİMİK), Türkiye Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Uzmanlık Derneği (EKMUD) ve Klinik Mikrobiyoloji Uzmanlık Derneği (KLİMUD) çeşitli salgın hastalıkların tedavi ve teşhis ile ilgili bilimsel etkinlikler, sempozyumlar ve konferanslar düzenlemektedir.